Olimpia, Sporting Cristal, Panathinaikos, Cruz Azul y la selección paraguaya son sólo algunos de los lugares donde dirigió el charrúa.
Su nombre siempre generó concenso al interior de Azul Azul, desde que apareció como candidato. Y es que el uruguayo Sergio Markarián es un técnico de larga experiencia al mando de clubes de primer nivel, donde a lo largo de su carrera ha cosechado diversos triunfos.
Su debut como técnico lo tuvo a los 30 años, dirigiendo las divisiones inferiores y luego al primer equipo del Club Atlético Bella Vista, carrera que siguió debido a un particular hecho que marcó su vida para siempre.
Se trata del debut de Uruguay en el Mundial de 1974 ante la poderosa Holanda, día que según el mismo relató en alguna oportunidad, lo llevó a "hacer algo por el fútbol uruguayo", no sin antes tener la venia de su esposa, quien lo motivó a seguir su vocación pese al riesgo económico que ello implicaba.
Pese a sus intenciones iniciales, Markarián nunca dirigió profesionalmente en su país, ya que los primeros títulos los consiguió en Paraguay, donde posee el récord de salir campeón con Olimpia y Cerro Porteño. Luego hizo lo propio en Perú con Universitario y Sporting Cristal.
Entre lo más destacado de su carrera, destaca el campeonato Preolímpico de 1992 ganado con la Selección Paraguaya Sub 23 y el haber llegado a la final de la Copa Libertadores de 1997 con Sporting Cristal.
Luego el "Mago" Markarián partió al fútbol griego, para dirigir al Ionikos, cuadro con el que clasificó a la Copa UEFA, pero luego volvió a Sudamérica para ponerse al mando de la selección adulta de Paraguay y clasificarla al Mundial de Japón y Corea 2002.
Tras salir de la "Albirroja", el charrúa volvió a Grecia, pero esta vez para hacerse cargo del Panathinaikos, club al que llevó hasta los cuartos de la final de la Champions League y a los cuartos de final de la Copa UEFA al año siguiente.
Finalmente en Libertad de Paraguay logró los títulos de 2006 y 2007, partiendo luego al Cruz Azul de México, donde no logró festejos, terminando por renunciar a mediados de este año para ahora, fichar en Universidad de Chile.
Titulos como entrenador:
1983 y 1985 – Campeón de la Liga Paraguaya con Olimpia, Paraguay.
1986 – Sub Campeón de la Liga Paraguaya con Olimpia, Paraguay.
1988 – Sub Campeón de la Liga Paraguaya y en 1989 Campeón del Torneo República con Sol de América.
1990-91 – Campeón de la Copa Republica y del Torneo de Honor con Cerro Porteño, Paraguay.
1992 – Campeón Sudamericano con la selección de fútbol Sub 23 de Paraguay.
1993 – Campeón de la Liga Peruana de Fútbol y en 1995 Sub Campeón con Universitario de Deportes de Perú.
1996-97 – Campeón de la Liga Peruana de Fútbol y Sub Campeón de la Copa Libertadores con Sporting Cristal.
1998-99 – Clasificación a la Copa UEFA con Ionikos de Grecia.
2002 – Clasificación a la Copa Mundial de fútbol 2002 con la selección de fútbol de Paraguay.
2002 – Cuartos de final con Panathinaikos de Grecia en la Liga de Campeones UEFA.
2003 – Cuartos de final con Panathinaikos de Grecia en la Copa UEFA.
2006 – Campeón de la Liga Paraguaya con Libertad.
2007 – Campeón de la Liga Paraguaya con Libertad.